ATではなくMTで申し込んだのですが、MT車には乗りたくありません。

ATではなくMTで申し込んだのですが、MT車には乗りたくありません。だったらなぜMTにしたのだって言いたくなりますか？ 既に自動車免許はもってます。

職場で使う可能性もあります。
今後、自分の車しか乗らない。とは限らないでしょう。
よって、全く問題ありません。
どうせ取得するなら、MTで正解と思いますよ。
今後の世の中、『MT乗れるのが凄い』と言われるようになるかもしれません。

新車を注文後、後で変更したことが発生することはあります
大型ナンバーの特注ハイエースを注文したところ、納車時、自宅車庫前が農道で大型車通行不可で、警察署の通行許可申請した
灰色を色で注文したら納車時白色に変更されていた
チェイサーのAt車にすると、パーキングブレーキが床にある足踏み式で、MT車のクラッチペダルと間違えるんでそれが嫌で、他のメーカAt車に変更したことはある
MT車は大型車、軽トラックまで運転しているが、シフトパターンＲの位置がメーカで全く違うので、そのために三菱ふそうにしている、日産ジーゼルは違うパターン、

好きな方に乗ればいいと思います。

いや別に何とも思いません。
ウチの家族もそんな感じですから。

無いよりあったほうが良い。
乗れないより乗れたほうが良い。
万が一、友人が泥酔し、その友人のＭＴ車をどうしても運転しなくてはならなくなった時、免許無いから乗れない！と途方に暮れるのか、免許無いけど仕方が無い！と無免許運転という犯罪に手を染めるのか、シカタネェナァと渋々クラッチを踏むのか。
今後の人生何があるかわかりません。
会社の車がＭＴしか無い、なんてこともあります。
引越し手伝いで軽トラや小型トラック（普通免許で乗れる範囲のもの）に乗らなきゃならなくなった時とか、ほぼ１００％ＭＴです。
そんなときに、こいつ使えねぇ、と思われるのか、頼りにされるのか。
もう一度言いますが、資格は無いよりあったほうがいいんです。

既に、運転免許を持っているのなら、MT車に乗らなければ良いだけの話では？
限定のある、無し、どちらを選ぶかは、個人の勝手だと思います。