運転免許証の番号についてこの番号から学科試験の点数が分かると聞いたことが

運転免許証の番号について
この番号から学科試験の点数が分かると聞いたことがあるんですが、
どうやって算出しているのでしょうか。

嘘ですよ。

左から3桁目と4桁目が、免許を初めて取得したときの、西暦の下2桁になっています。
1990年代、この数字が90～99になっていたため、「ハナタレのガキ共」の間でそのような都市伝説が生まれたという説が有力です。
「おおぉ！、ここの数字が90になってる、これぜってー点数だって」という根拠のないような想像の話が広まっただけ。

番号の決め方は、各都道府県の公安委員会に任せられているため、
都道府県によっては、あり得るかもしれないが、公表されていないため、わかりません。

学科の点数はリンクしてないと思います。
わかるのは、最初に発行した公安委員会、最初にとった免許の西暦での下二桁
再交付の有無です。
前科・前歴はあくまで警察の内部資料として、リンクされているようです。
職務質問時に使うようです。

http://www9.plala.or.jp/hiyotrio/newpage011.htm ←あたりで勉強してください。
学科試験の点数がわかる、犯罪歴や前科がわかるなど、この手の流言は数多くありますがほとんどが確証がない噂にしかすぎません。

原付→普通一種→普通二種…………。
三度学科試験を受けたとしたら、その度番号が変わるんですか？

うちのオヤジが免許を取った40年以上も前からあるネタ話がいまだに存在しているとは。。。
そしてそれを信じる奴がいるとは。。。