原付の免許取ってから一年以上たって、今普通免許取ったんですけど、

原付の免許取ってから一年以上たって、今普通免許取ったんですけど、初心者運転期間は適用されますか？

普通自動車免許に対しては初心者期間が適用されます。
人生で初めて取得した日から1年ではありません。
なにかしらの免許を取った日から1年です。
たとえば、
中型自動車免許を取得すれば、中型自動車免許を取得して1年以内は中型自動車を運転する場合に初心者期間になるし。
普通自動二輪免許をとれば、普通自動二輪免許を取得して1年以内は普通自動二輪を運転する場合に初心者期間になる。
もちろん、すでに1年以上経過した免許で運転できるものに関しては初心者期間ではなくなる。

たとえば、
普通自動車免許を取得して10年以上経過した人が
普通自動二輪免許を取得したとします。
この場合、普通自動二輪に関してのみ1年間初心者期間となる。
普通自動二輪で運転できる車両を運転していた場合の違反は初心者期間中の違反となる。