普通免許は取得済みですが、私はAT車限定です。将来、中型や大型

普通免許は取得済みですが、私はAT車限定です。
将来、中型や大型でMTの教習を受けることはできますか？
また、中型や大型でMTの教習を終了すれば、普通車のAT車限定も解除になりますか？

できますよ。
教習所次第ではありますけどね。
ちなみにうちの地域には、大特やＡＴ限定の普通の人でも、いきなり大型二種を取らせてくれる教習所があります。

で、上位免許を取れば、必然的にその限定は解除になります。

一応、あり得ないと思うけどあなたの免許が第二種の普通免許AT限定なら、中型や大型自動車の免許を取得することで、MT車（普通車）も運転することはできるが営業運転はすることができない、という説明になる。
それ以外は他の回答者の方と同じ。
教習所次第。
なお、法律的には解除していない状態で上位免許を取得してもなんら問題ない。

※基本出来ますが、教習所によっては「まずは限定解除」をさせるところもあります。カリキュラム次第です。
※解除になります。（限定が無くなります）