僕の母は今生きていたら今年で４６歳なのですが、車の免許を取ったの

僕の母は今生きていたら今年で４６歳なのですが、車の免許を取ったのが祖母によると大学４年（現役生）のときらしく、その当時の人は全員MTで教習を受け、高速教習もMT車で受けていたんですかね。

AT限定免許が新設されたのは、平成3年の秋だったはずです。
今から23年前ですね。46歳ということで、単純に23を引けば23歳です。現役の大学4年生ならば22歳でしょうから、まだAT限定が無かったころのはずです。
教習時間が27時間くらいあったかもしれませんが、その中で数時間はAT車を使った教習もあったかもしれません。
私は、平成5年に免許を受けていますが、教習時間27時間で、そのうち4時間がAT車だった記憶があります。（ただし、この頃にはAT限定はありました）
追
このころは、高速教習についてはオプションで、希望者だけ（もちろん有料）などで、今のような教習課程ではありませんでした。

そうですね、１９９１年１１月から欧米諸国を見習いＡt車限定免許制度を導入しました
それ以前に免許を取得した人はＭＴ車、Ａt車を運転できる普通免許です
概ね４1才以上のドライバーが該当します
夫婦で大型免許で妻は教員免許と同時に大型免許を女子大学生のとき取得した

AT限定免許の教習が始まったのは平成4年1月からです。教習時限数や内容は余り覚えてないですが、教習期限は6ヶ月だった。と思います。高速教習は他のかたもおっしゃるように受けたければオプション料金を払って受ける。でした。たしか5,000円位だったかな？必要性を感じなかったので私は教習しませんでした。
分かりにくい説明で申し訳ありません。

AT限定・普通自動車免許ができたのは 1991年11月1日ですから、2２年と7カ月前です。即ちそれより前の1998年頃に免許をとった御母堂さまは当然MTで教習を受け、高速教習もMT車で受けてましたね。

その当時は知りませんけど、ＡＴ限定ができる前は、そのとおりです。
http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1022352470