普通一種AT限定免許を所持者が限定なしの普通二種免許を指定教習所で取る場

普通一種AT限定免許を所持者が限定なしの普通二種免許を指定教習所で取る場合は、普通一種のAT解除教習を受けてから普通二種教習を受ける順序になるのでしょうか？

第２段階(路上教習)に進むには、AT限定を解除しておかなければ成りません。
先にAT解除を行うか、第１段階の教習修了後にAT解除の検定を行うかのどちらかになりますが、各自動車学校の判断により違います。
どちらにせよ第２段階の前には、免許センターにて限定解除の手続きを受けておく必要があります。

AT限定を解除しないと、MT車を使っての路上教習や技能が出来ないですから、順番としたら、AT限定解除をしてから二種教習、ということになろうかと思います。

３年以上の免許経歴があれば、いきなり普通二種を受けられると思いますよ。