自動車学校の卒業証明書について、有効期限は一年間ですが、卒業証明

自動車学校の卒業証明書について、有効期限は一年間ですが、卒業証明書って車校を卒業した後の学科試験でしか使いませんよね？それに合格して免許証を貰えばもう有効期限とか気にしなくていいですよね？
ちなみに卒業証明書はその時の学科試験で提出して、返却は来ていません。

そうですね。
免許証があるのですから、その卒業証明の有効期限は気にする必要はありません。
（免許証の有効期限は気にしてください）
返却されないのも当然で、免許を与えた根拠となる書類ですので、免許センターに保管されます。（実際はスキャンしたデータとして保存されるのかも知れませんが。）

自動車学校の卒業証明書・・・公認の免許センターの実地実技試験免除の証明書です。
実地実技試験免除の証明書の有効期間中に、免許センターで免許法規等の試験と適正検査を合格すれば、正式の本免許が交付されます。
正式の本免許が交付後は、実地実技試験免除の証明書は目的を達したので免許センターに回収されます。（実地実技試験免除の証明書は、以後使用する必要は無いからです）
有効期間内に免許が取得出来ない場合は、無効に成ります。（その場合は、単なる紙のゴミです）

有効期限は気にしなくていいですが、1度しか使えないので証明書は返却してくれません。運転免許は自主的に返納すれば何度も取得できるのですが返納と下位免許申請で取得欄を全て埋める人もいるので1度の手続きでしか使えません。それから1度しか使えませんから有効期限が1年あっても1年以内に運転免許の取り消しをされたら再度使えません。そのため紛失再発行もしてくれませんので取扱いには気を付ける必要があります。