免許の条件についてよくわかりません。平成12年に普通免許を取得しました。

免許の条件についてよくわかりません。平成12年に普通免許を取得しました。MTです。その後平成18年に普通2種免許をAT限定で取得しました。今までの条件は普通車の旅客車はAT車に限ると書かれて
いました。今日免許更新したら条件に中型車（8t）と普通車の旅客車はAT車に限ると書かれています。これって間違いですよね？

読み方を間違っています。
「中型(8t)」と「普通車の旅客者はAT限定」です。
中型にAT限定の括りはありませんから。

中型車（８t）の旅客車を運転するときはAT車しか運転は出来ません。

間違っていません。
http://www.keishicho.metro.tokyo.jp/menkyo/chugata/chugata.htm