自動車学校に普通二輪の免許を取るために通っていました。それで卒業したのですが

自動車学校に普通二輪の免許を取るために通っていました。それで卒業したのですが…。車の免許はもってます。
免許書き換えの為に50kmぐらい離れた免許センターに行かなくてはなりません。しか
しバイクはあるのですが、車が無いのです。
バイクで行って警察に止められたら無免許運転になるのでしょうか？

無免許運転扱いになります。
たとえ教習所を卒業していたとしても、
免許の更新を行うまでは絶対に乗らないでください。
事故を起こしたら大変な事になります。
電車やバスを利用するのが大変なら、
レンタカーかなんか借りて下さい。

質問の内容が貧相(´・ω・｀)

万が一のリスクを考えたら、公共交通機関で行くしかない。因みに免許証に表記されてない以上無免許だと思うけどね。

免許センターは少なくとも路線バスが充実しているはずなんですが。それでなくともレンタカー・タクシーを利用するなど方法はあるでしょう。無免許で普通免許も取り消しになるのはもったいないです。
お住まいの都道府県はどこですか？県名だけで個人情報は特定できません。

これが無免許でなくて何になるというのでしょうか?
教習所を卒業しているとかは一切関係ないよ
乗り方もまったく知らない人と同等の扱い
バイクの免許を取りに行くどころか、普通免許さえも失うことになる

あなたはまだ普通自動二輪免許を持っていません。教習所の卒業＝免許証の交付では無いのですから。あくまでも技能試験を免除されるだけの特典を手に入れただけの話。
これから試験場へ行き、学科・技能試験免除ですが適性検査に合格して初めて二輪免許が交付されます。それ以前に公道でバイクを運転したら、当然無免許運転。