息子の運転免許更新ですが、今回は本籍も変更することになります。この際、

息子の運転免許更新ですが、今回は本籍も変更することになります。
この際、本籍のあるこちらで準備してやらなければいけませんか？
本籍付き住民票なら息子の住む所轄役所で取れないのですか？

本籍と現住所が運転免許証に記載されていますね。
本籍が東京、現住所が大阪
普通に考えて、本籍を変更するなら東京で手続きするのでは(T_T)

本籍付きの住民票でいいようです
http://www.meihen.e-osusume.com/menkyo_honseiki_henko.html