すいません、今普通二輪免許をもっているのですが普通自動車免許の卒検を持って免

すいません、今普通二輪免許をもっているのですが普通自動車免許の卒検を持って免許センターに行って日曜日に更新できますか？

あなたがしようとする手続きを「併記」といいます。現有免許に新たな免許を加えることです。
しかし、これは形式上「試験を受ける」ということになります。学科試験と技能試験は免除で、適性試験（視力検査）のみを行ないます。
「更新」とは異なり「試験」ですから、平日のみの扱いです。

それは更新ではなく適性試験と学科試験を受けなくてはいけませんね。
でないとそのうち実技試験免除の資格がなくなりますよ～所轄の試験場のHPで受験曜日、時間等を確認されてください。