今現在普通免許(at限定)を持っているとして,at限定解除と普通二輪を

今現在普通免許(at限定)を持っているとして,at限定解除と普通二輪を教習所でクリアした後に免許センターに行ったら免許証交付料は×2分取られてしまうのでしょうか?

取られないよ。「AT限定解除」は本来免許の裏に「限定解除」の判子を押されるだけ。
二輪の併記は新規になっちゃうけど。だから「AT限定」の表記が消えて、二輪の併記だけだから実質普通の1車種分のお金だけです。
でもね、仮に2車種でも「×２」ではないです。+200円位だったと思います。