AT限定免許と普通免許どちらを取るのがよいのでしょうかあと日本でAT車

AT限定免許と普通免許どちらを取るのがよいのでしょうか
あと日本でAT車とMT車どちらの方が多く使われているのでしょうか

今はATばっかりです。同じスポーツカーでもATとMT両方作るくらいですから。
要MT免許の仕事もかなり少ないです。そういった特異な仕事に就くとか趣味でMT車運転したいというわけでもないならATの方がおすすめ。
MT教習は最初の実技でエンス起こして手こずってATに変更する生徒もいるくらいです。MTの方が教習費用も少し高いです。
後から限定解除でMT免許にできますし、先にATで車の運転になれている方がスムーズに事が進みます。

普通免許ですね。
公道を走っている一般の車はAT車が圧倒的に多いです。
しかし、未来の事は分かりません。
あなたがＭＴ車に興味を持った時に限定解除をするのか、そのままＭＴ車を手に入れるだけの状態にしたいのか？
教習代が親なら、限定以外で取る事をおススメします。自分が払うのであれば、お金が許すなら限定以外。
たまに、公道を走っていて、トラックの後ろにブレーキ頻回に踏んでいるＡＴ車を見かけます「ミッションの違いがわからない限定免許なんだろうなぁ。」暇つぶしに考えたりします。

どうせ取るなら限定なしで。高校生の男子とかなら半数はMTで申し込んでるみたい(^^)
もし今後MT車が流行ったら？？？

限定無しの普通免許を取るというのは気分の問題だけです。
実際に世の中の普通乗用車でMTはほとんどいません。

普通免許はATで取った方が利口です。
安く早く取れます。
どんな「車種」もAT車が設定されてますから
乗れないクルマはほぼありません。
いずれトラックの運転手にでもなるつもりなら
最初から「準中型」にします。

自家用車は90%以上がAT車です。
仕事でMTに乗る事が無ければ、ほぼ運転することはありません。
仕事が関係なければ、自分でMTに乗るかどうか？で決めれば良いと思います。
限定解除も出来るんで、どうしても必要となれば解除すれば良いと思いますよ。
後は、後から車に興味が出てMT車しか販売されてない車種や中古でどうしても欲しい車がMTだったとか、あるかも知れない？と思うのであれば、念の為に限定無しの免許を取っておいた方が良いかも知れません。
旧車やスポーツカーに興味を持ってしまったら、まず必要ですね。