免許証をなくしたことに気付かず数日たって気づきすぐに失くしたと思

免許証をなくしたことに気付かず数日たって気づきすぐに失くしたと思われる場所に行き
保管されていたのを返していただいたのですが、この場合紛失届及び再発行はするべきで
しょうか？
悪用されたりしないでしょうか？（コピーをされていた場合等）

保管してくださっていた人を、『コピーした? 悪用した?』と問い詰めるのが一番確実です。