５０キロ以上の速度超過で、１２点（免停９０日相当）の赤キップ

５０キロ以上の速度超過で、１２点（免停９０日相当）の赤キップを切られ、免許証は手元にある場合は、行政処分が下るまでは乗ることができますが、
行政処分がくだって免停が開始されるまでのあいだに３点以上の違反をおかした場合は、加点されて取消になりますか？

現在の12点にさらに加点される可能性が高いですね。
警察側の処理の関係やタイミングにもよりますが、例えば、免停通知書に速度超過違反の12点のみの記載で通知が来たら、そちらで処分を受けたほうが良いですね。
もし、通知書が届いてから免停前に3点の違反だった場合、免停処分が開始されていない為、12点と3点が加点されて免許取消の対象となってしまう可能性もあるからです。
免停処分の開始がされてませんから、違反点数が足されて後で免許取消対象での通知が来る事も考えられるからです。
先に来た通知書で処分を受ければ、処分が開始されて、12点であれば90日の免停の対象ですから、意見の聴取の通知が来て、反省等が認められると、60日の免停に軽減され、さらに免停講習受講により最大30日短縮出来ます。
先の通知書で処分を受ければ、免停明けに前歴がついて、その3点が免停処分明けに点数が加点されますが、前歴1回違反点数3点という状態になります。
長々と書きましたが、簡単に言えば、12点の違反の後に免許取消になる点数に達する違反の場合は、先の通知書で処分を受けておいた方がよいと言う事です。