現在、中型(限定なし)、普通自動二輪、大型特殊、けん引(農耕車限定)

現在、中型(限定なし)、普通自動二輪、大型特殊、けん引(農耕車限定)の免許を所持しています。
この状態で、けん引のみを返納する事は可能でしょうか？また、返納する際はどこが窓口になるのでしょうか？

けん引のみの変更も可能ですが、免許を再作成する関係で
たぶん有料になると思いますので要確認です。
基本的な窓口は、免許センターになると思いますので
１度、免許センターに問い合わせてみた方がいいと思います。
中型（限定なし）…というのは「中型車は中型車（８t）に限る」の条件がないということでしょうか？
それとも「ＡＴ車」の条件？
「中型車は中型車（８t）に限る」の条件がないようであれば、
けん引と視力検査等、適性検査は同じですので、そのまま持っていても問題ないと思います。
「ＡＴ車」の条件であれば、適性検査の内容が異なりますので
１番いいのは、免許更新の時に同時に「けん引を返納する」と申し出る方法。
更新と同時なので、通常の更新手数料で済みますよ。
持っていて問題がないのであれば、そのまま持っていた方が…
折角とったんですし。
とりあえず、更新期間に入ったら、更新の際、相談することをおススメします。

返納手続は試験場(免許センター)になります。窓口でその旨を説明すれば言われた通り手続を進められると宜しいかと思います。
ただ、一度返納すると後で復活させる事は出来ませんよ。