第一種と第二種の普通免許をオートマで取得した人がマニュアル免許を第一種で受

第一種と第二種の普通免許をオートマで取得した人がマニュアル免許を第一種で受ける事は可能ですか。それとも第二種でのみ限定解除を申請する？

普通に可能です。
タクシー運転手の多くは「二種はAT限定」だそうです。
タクシーはほぼ全てATと言っていいくらいなので、二種を限定解除する意味ってほとんど無いですからね。

まぁそれぞれで解除するとお金がかかるけどね、いっそ二種でMTにした方がよくないですか？

実例は知りませんが、理論上は可能ですね。
合理性があり、矛盾点が生じないからです。
審査の基準は、当然二種のほうが厳しいので、受験者が1種免許のみ限定解除をしたいというのには、合理性があります。
また、それに仮に限定解除審査に不合格になったとしても、矛盾点は生じません。
逆に受けられない実例を挙げると、普通免許のみを所持していて、原付免許の試験を受けたいといった場合です。
原付免許は確かに持っていませんが、既にその上位免許があり運転することが可能なのに、原付免許が欲しいというのは合理性に欠いています。
また、原付免許の試験に不合格になった場合は、その人は原付免許を受けるに必要なレベルに達していないと言うことになります。
しかし、原付免許の試験に不合格になったからと言って、普通免許の取り消しは出来ません。つまり原付免許を与える基準に満たない人が、さらに上位免許を持っているという矛盾が生じます。
このようなことが起きるケースでは、試験そのものが受けられないのですが、おっしゃるような1種のみの限定解除は、特に問題点がなく、受験可能なはずです。

出来ますよ。
夫の知り合いの方は、
第一種は限定無し。
第ニ種はAT限定。
の免許を受けてますわ。
普通第ニ種はAT車に限る、
と解釈できる意味の文が
条件欄に書かれています。
彼は、生業としてのMT車は
運転出来ません。
客を乗せないならMT車も
運転出来ます。

第一、ニ種共にAT限定から
ニ種の限定解除した場合、
ニ種は一種の上位免許ですから
たとえ一種のAT限定が条件欄に
残って居ても、一種のMT車も
運転が出来ます。