近々免許更新に行きます。更新手数料２５００円講習手数料５００円この場合は

近々免許更新に行きます。
更新手数料２５００円
講習手数料５００円
この場合は、２５００円と５００円分けて用意したほうがいいですか？
千円３枚の３０００円でも大丈夫でしょうか？

支払いは一纏めなので分ける必要はありません。
また、支払いの際に別途交通安全協会費を求められると思うので、「不要です」とはっきり言いましょう。