普通自動二輪の教習所を合宿で卒業しました、 - 合格証明書が発

普通自動二輪の教習所を合宿で卒業しました、
合格証明書が発行されて何日以内に免許を取りに行かなければいけないのですか？

合格後1年以内です。。

卒業証明書（兼技能検定合格証）というものをもらったはずです。これは、発行日（卒業日）から1ヶ年有効です。
3ヶ月有効というのは、「限定解除審査」、例えばAT限定解除、中型8t限定解除などの教習・審査を自動車学校で行った場合の「解除審査合格書」のことです。

卒業証書の有効期限は1年です

有効期限はたしか半年くらいじゃなかったでしょうか
なるべく早めに行けるなら行っておきましょう