去年違反をして点数が４点になったので初心者講習の通知が来まし

去年違反をして点数が４点になったので初心者講習の通知が来ました。しかしお金が無くて行けませんでした(ちなみに原付免許)その後今年の６月(去年の６月に免許取得のため)に再テストの通知が来
ました、しかし３月から普通免許取得のため教習所に通いそのまま上位免許の取得を目指すことにしました。そして今日卒業したのですが運転や試験のことで頭いっぱいで教習所に免許が無くなった事を話忘れてしまいました、もらった書類にもバッチリ原付免許のことが書いてあります。これは電話、もしくは免許センターに試験を受けに行くときにセンターの人に伝えれば大丈夫ですか？分かるかたお願いします！補足卒業証明書には原付のことは記載されておらず免許申請書のみ原付記載されています。

そのままで平気だと思いますよ。最悪試験場に用紙が有るので自分で書き直せばよい。

卒業証明書には「原付免許所持」という内容が記載されているはず。その内容を変更しないと、免許センターでは受け付けてくれません。
卒業した自動車学校に連絡し、卒業証明書を修正してもらうのが先です。

先に教習所の方に意見を仰ぎましょうね。
センターだと冷たい対応ですよ。