仮に大型特殊免許のみを所持されていた方が、経験3年以上で大型第

仮に大型特殊免許のみを所持されていた方が、経験3年以上で大型第一種免許を取得された場合、併せて下位免許の普通自動車第一種免許(MT)を運転することはできますか？お教え下さい。

出来ますよ。
大型（一種）免許は、普通（一種）の上位免許にあたります。なので、一種免許の普通・中型・原付・小特が運転可能です。
例えば、大特（一種）から大型二種を取得すれば、一種の普通・中型・大型、二種の普通・中型の上位免許ですから、これらに加えて、原付・小特の運転が可能です。
中型以上の免許に「AT限定」は今のところありませんから、大型を持っていれば、普通車のMT車を運転しても構いません。

可能です。
そしてもちろん、初心者マークなど要りません。

大型さえ取れば下位免許の運転できますね。府中試験場で大特取ったけど、ハンドルの切り方がちょっとばかり違うだけで変速操作が要らないからＡＴ車運転できるだけの技量があればなんとかなるんだよね。それが道交法の不思議というか矛盾。昔はそれで良かったかもしれない。でも今の自動車事情は昭和とは違う。府中試験場に大特取りに来ている人、再取得の人結構いますね。一発免許の中でも一番容易だし、過去に3年以上免許を所持していた経歴は有効だから大型免許もすぐに取れるし、学科免除で原付も乗れるし。

大型免許だけで普通車も運転できます。

H19年6月以前に取得された当時の「普通免許」は、現在ではあくまで「中型免許」のみ(普通免許がない)となっていますが、普通車も運転できますよね。

回答としては、「運転可能」です。
補足コメントとして、大型免許所持で取消処分の人が再取得する時、普通免許を取らずに、大特を取得して大型免許を取得する人がよく居ると聞きます。

皆さんが書いている通り可能。
不可能なら、免許無しの人でもいきなり中型(以前は大型)免許を取る事になる自衛官の多数が普通車を運転出来ない事に……(^^;