初心者運転講習の件での質問なんですが、免許をとって半年です。1ヶ

初心者運転講習の件での質問なんですが、免許をとって半年です。1ヶ月前に踏み切りで一時停止していないといちゃもんを付けられ、さらに初心者マークをつけて居なかったので 2点＋1点の減点にな
り3点で初心者運転講習を受けなければならないと言われました。 でもネットで調べてみると、一回の違反で3点減点の人は対象外と書いてあります。 自分のは一回の違反には当てはまらないのでしょうか？ ここがスッキリしなくて納得いきません よろしくお願いします。

瞬間的に同時に切符を切られた場合は違反点数の高い方だけ付きます。ただ、切符を2枚切られていれば、それぞれの反則金を納付(反則金のない点数だけの違反であれば反則金なし。どちらも反則金の付く違反であれば、それぞれ反則金を納付。)することになります。
時間差で違反切符を切られた場合はそれぞれに点数が付き、質問内容通り、一時不停止2点と初心者マーク1点ですから、この場合初心者講習の対象となります。

もうじき、また捕まりそうだからでしょう。

一回ではなく、あなたは二回なのでは？
一時不停止と初心者マークで二回の合計3点