最近教習所に通っている者です。MT車の免許習得の勉強をしているので

最近教習所に通っている者です。
MT車の免許習得の勉強をしているのですが、なかなか上手く行きません。
・発進するときガクガクしてから進む（エンストはしない）
・ギアチェンジするときもガクッってなる
・駐車、一時停止するときもガクッっとなる（下手したらエンストする）
何かコツがあるのでしょうか・・・？

いずれも、半クラッチをする意味をもう一度理解してから、実技に臨みましょう。
＞・発進するときガクガクしてから進む（エンストはしない）
エンジン回転数が低かったり、半クラッチの状態を早く解除してしまうから、がくがくしちゃうんです。
回転数を2000回転以上にした後、ゆっくり左足をあげて半クラッチ状態を確認するようにしましよう。半クラッチの感覚を早く慣れないと先に進めません。
友達の車でやると嫌な顔されますが、教習所の車ですから、遠慮なくやりましょう。
＞・ギアチェンジするときもガクッってなる
ギアチェンジする時のエンジン回転数とギァチェンジ後のエンジン回転数が合っていないからですね。これもなりないうちは、エンジン回転数を半クラッチで合わせる感覚を身につけることが先決です。左足の感覚を教習後もイメージトレーニングで忘れないようにした方がいいですね。
＞・駐車、一時停止するときもガクッっとなる（下手したらエンストする）
これはクラッチを切らないからでしょう。
クラッチの意味を教官に聞く、あるいは学科を再受講するなど車の駆動系の勉強をした方がいいです。

クラッチをゆっくり放せばとりあえずはガクッとはなりません。
あとクラッチは車によって癖が違うので毎回同じ車に乗れるならそのようにしてください。

・発進するときガクガクしてから進む（エンストはしない）
ノッキングですね。
クラッチを離すのが早すぎたのか？アクセルを踏み込みすぎているのかも？
ガクガクするなら、もう一度クラッチを切って、様子を見ながらゆっくりつなぐと
回避できると思います。
ギアチェンで、衝撃ゼロにすることは、慣れた人でも難しいです。
初心者は仕方ないと思い、あまり気にすることは無いです。
比較的低速ギア間のつなぎでショックは増しますので、
２⇔３は特に、ゆっくりクラッチをつなぐとよいです。
停止するときは、予めかなり手前から余裕をもってクラッチを切ったまま
ブレーキ減速するとよいです。
ギリギリまで、クラッチ踏まずにブレーキペダルで減速すると、同じようにノッキング（ガクガク）がおきます。

発進するときにガクガクしてから進む
アクセルをもっと吹かしましょう。
若しくは、クラッチを完全に繋ぐまでの時間(=半クラの状態)をもっと長くしましょう。
ギアチェンジするときもガクッってなる
1速→2速のように、高いギアに変える場合には、ギアを抜いた後にひと呼吸おいてからギアを入れます。
恐らく、1速から2速へ直接入れていると思いますので、一回ニュートラルにギアを入れると考えると良いでしょう。
減速チェンジの場合には、「ギアを抜いた後にニュートラルでクラッチをつないでアクセルを吹かしてからギアを入れる」という方法もありますが、教習段階であれば、シンクロと呼ばれる摩擦同調装置をフル活用すれば良いと思います。
※シンクロは、ギアチェンジの時に勝手に作動しますので、あまり考えないでください。
4速→3速のようにシフトダウンする場合には、クラッチペダルを踏んだままギアチェンジして、低い方のギアに入れますよね。
この時、すぐにクラッチを繋がずに、発進する時みたいに半クラをします。
発進も、回転数が合っていないので半クラッチをしますが、減速チェンジの時も同じです。

取り敢えず、アクセルは足の親指だけで、操作しろ。そうすれば、細かいアクセルのコントロールができる。
それで、そのアクセルの踏み方で、アクセルを2000回転弱に保ちながら、クラッチペダルを、いつも君が操作している時より半分くらいの速さで上げてみろ。そうすれば、びっくりするほどスムーズに発進できる。

隣の男に尋ねれば？教えてくれないなら、交代してもらえば？カネと時間のムダだから。