まだ未成年の日本×某国のハーフです。生まれは外国ですが日本で育ち親も離

まだ未成年の日本×某国のハーフです。
生まれは外国ですが日本で育ち親も離婚してずっと日本人方の親と住んでいます。
春休みに合宿免許に行こうと思い申し込んだのですが一応まだ国籍を選択
する前で事実上二重国籍なことを伝えたところ申し込めるかわからないと言われてしまいました。
(日程の関係上他に申し込めるところがもうありません)
外国の方の戸籍を取るつもりはさらさらないし中身は完全に日本人なのにこのような扱いを受けるとは思いませんでした。
これは正当なことですか？
正式に断られた場合なんと言えばいいのでしょうか？

「二重国籍」は伝える必要の無い情報でしたね。日本に住民登録されているなら、あなたが日本以外の国の国籍を持っているかどうかは無関係です。そもそも、在留資格があれば国籍は問わないはずですからね。教習所の側で、あなたに住民登録が無いとか、在留資格が無いとか、何か誤解をしたのだと思います。
しかし、質問者さんが「事実上の」と条件付きな注釈をしている点が気になりますね。住民登録がされていない等の事情があれば、そもそも運転免許は取得できませんので、入所は断られます。そう言う事情はありませんか？。