交通違反で青切符を切られましたが、身に覚えがないので署名を拒否しました

交通違反で青切符を切られましたが、身に覚えがないので署名を拒否しました。
青切符をよこした時に、免許証を返さなかったので、免許証を返してくださいと言いましたが、まだ終わっていないといわれて、返してくれませんでした。それから、調書を作成されましたが、一時間以上もパトカーの中で自由を拘束されたような状態で外は真っ暗で怖かったので最後は、言いなりに返事をして、拇印を3回も押させられました。
これって、警察官とは言え、違法な行為ではないかと思い質問しました。
よろしくお願いいたします。
県警本部には、翌朝電話をしましたが、警察署には意見として伝えておきますとのことでした。

それで
アンタが認めたから押したんだろ
違反者がグダグダ言うな

失礼な物言いになりますが「暗くなって怖くなったため、言いなりに拇印を押した」という時点で、あなたの負けです。
道路交通法では、免許証の提示義務はありますが、告知票（反則切符）にサインするとか、調書にサインするといったことは拒否できます。これは「黙秘権」の一つと言えます。
通常の違反処理（違反者が事実を認める）の場合は、告知票に違反内容を書き込まれ、それに署名押捺で終わり、反則金を納付すれば罰則（刑事罰）は受けません。
違反者が事実を認めないなら、警察官が調書を作成し、内容を読み聞かせ「間違いなければサインしなさい」と言われます。
この調書は、よく中身を確認しないと「本人が違反を認めながら、告知票の交付を拒んだ」などと言う内容になります。
そうなると、反則処理でなく、刑事手続き（事件が検察庁に送られ、裁判を受けることになる）となります。
まあ、つまらない違反なら、ほとんどが「不起訴」となるようですが、反則点はつきますから、違反してないなら、納得できませんよね。
本当に「自分は違反をしていない」というなら、調書には「本人は違反内容について全面的に否認している」と書かせてサインするか、とことん否認し、警察署へ連れて行かれて事情聴取になれば「弁護士を呼べ」と言いましょう。
多分、警察官は「任意の事情聴取だから、弁護士など必要ないですよ」といいますから、そうなったら「じゃあ、帰る」と言って立ち上がりましょう。
その時、必ず警察官はあなたを制止するように身体に触れますから、その時は思いっきりこけて下さい。机でも椅子でもいいので、怪我するぐらいにぶつけるのです。
そして、気を失ったふりをし続け、警察官が救急車を呼んだら、病院に搬送してもらい、病院から家族に連絡してもらって、家族が来たら「弁護士を呼べ」といいましょう。
弁護士が来たら、経過を説明し、最後に「任意の事情聴取だから帰ると言って立ち上がったら、警察官に突き飛ばされて倒れた」といいましょう。
あなたが警察官に突き飛ばされたとなれば「特別公務員暴行陵虐致傷罪」という犯罪になります。
実は「帰る」と言って立ち上がると、警察官が制止しますが、それを強引に押しのけて通ろうとすると、制止した警察官が転んで「公務執行妨害だ」として逮捕されるんです。これは「転び公妨」といって、色々な現場で悪用される悪質な手口なのです。
これの裏返しとして、あなたが転倒するという方法なんです。
こういった、つまらない知識でも、持っているのと持っていないのとでは、大きな差がでます。
違反を否認するなら、とことんまでやる。
中途半端に認めるなら、最初から認める。
そのようにしないとダメですよ。

＞違法な行為ではないかと思い
結論から言うと、違法ではありません。
質問者さん自身が、反則通告制度によらない処理を希望したのでしょ?
また、免許証の所有権は各公安委員会にあります。
あくまでも公安委員会から「貸与」されているに過ぎません。
道路交通法違反時に免許証の保管も認められています。
本則による処理を選んだのであれば
とことん戦ってみてください
検討をお祈りします。

もう少し騒いだら公務執行妨害で逮捕・留置されていたよ。

当方も一時停止違反でキップ切られたことあります。
映像撮ってるから無理だと思いますよ。
当方の場合は速度緩めもしないでそのまま行っちゃいました。速度的には20km/hぐらいですね。
で、直後には呼び止められないようです。当方の場合は150mぐらいでしたかね。

警官と言えど人の子、間違いも犯す。
車線が合流する危険な場所で取り締まりをやっていたから、注意してやめさせたことがある。
非常識だと思ったら、堂々と抗議すれば良い。
頑張れ。