質問です普通自動車の免許を取得して１年未満の初心運転期間中に3点の違反をしたら

質問です
普通自動車の免許を取得して１年未満の初心運転期間中に3点の違反をしたら初心者講習になりますよね？
その点数は普通自動車を運転している時に違反した点数のみなのでしょうか？
普通自動車を運転中に2点
原動機付自転車を運転中に1点
合計3点
これでも初心者講習の対象になるんですかね？
回答お願いします。
ちなみに原付の免許は取らず普通車免許をそのまま取りました

初心者特例は、初心者対象の免許・車両での違反が対象になります。
よって、原付での違反は初心者特例の対象にはなりません。
ですので、今現在は初心運転者講習の通知は来ません。
普通自動車（軽自動車を含む）であと一度違反をすれば、初心者対象の違反点数の合計が3点以上になるので、初心運転者講習の通知が来ます。
初心者特例とは別に、行政処分点数の累積は3点ですから、免種・車両を問わずあと3点の違反をして累積6点になれば「違反者講習」、累積7点以上になれば、点数に応じて30日、60日、90日の免停となります。15点以上になれば免許取消処分の対象になります。

＞普通自動車の免許を取得して１年未満の初心運転期間中に
＞3点の違反をしたら初心者講習になりますよね？
いいえ。
なる場合もあるし、ならない場合も有ります。
＞普通自動車を運転中に2点
＞原動機付自転車を運転中に1点
＞合計3点
＞これでも初心者講習の対象になるんですかね？
なりません。
普通自動車免許の初心者特例の点数計算には原付の違反は含みません。
蛇足ながら
１発３点も対象にはなりませんよ。

なりません。
免停等の対象は全区分ひっくるめて換算ですが、初心運転者講習や再試験は区分毎。
普通一種取得者は完全な下位免許にあたる原付を運転中の違反では、何点重ねようと初心運転者固有の罰則の対象にはなりません。
ただし、ひっくるめて換算の免停や免取にはなるのでホドホドに。

普通自動車の初心者講習や再試験の対象に数えられる違反は、普通自動車によるもののみです。原付バイクによる違反は数えません。