運転免許についてご存知の方にお聞きします。私は普通自動車と普通自動二輪の免

運転免許についてご存知の方にお聞きします。私は普通自動車と普通自動二輪の免許を保持していたのですが2014年8月に線維筋痛症という病気を発症し、運転免許証の更新の時期である2014年10月〜2015年3月頃の運転免許
証の更新時期にに運転免許証の更新に行けずそのまま有効期間が切れてしまいました。

有効期間が切れてから半年間は更新できるようなのですが、病気の症状が良くならず、結局一年が過ぎてしまいました。その後普通自動車及び普通自動二輪の免許が完全に無効になり、最初から取り直ししなければ行かないことになりました。しかしながら病気の時期に診断書があれば再交付出来るようでしたが、通院していた病院が診断書を書いてくれません。この場合取り直しせずに運転免許証を交付出来る方法はないでしょか？ご存知の方どうかご教授ください。

難病認定されている病気ですね。
多分病院側は、車バイクの運転免許更新のためには診断書は出ないと思います。
病院が診断書を出せば「車の運転を行っても問題ない」と捉えられるのが問題であるため出せないと思います。
この病気で検索かけると（睡眠障害）などありますので、居眠り運転での事故など考えられるからでしょう。
会社提出用なら書きてもらえるかもしれませんが。。。
正直に、運転免許更新するために診断書をくださいを伝え、その後運転免許センターが指定する医療機関で確認必要であるなら検査を行いまた、試験場にて車の運転に支障がないかを実技を行い、すべて問題なければ免許の交付になりますが、現在。癲癇や心臓病・重度の糖尿病など（身障者手帳が交付されるような事案）に対し、ほとんど交付されず返納させられています。
あなたの場合も、軽度・重度わかりませんがこのような手続きになると思います。

更新期間中ずっと入院していたというなら別ですが
通院であるなら、更新に行けなかった理由は何ですか？
医者が診断書を書かないのは、医者から見ても
更新に行けないほどではなかったという判断じゃないんですかね

診断書が無いと交付は無理。それも入院の診断書が必要だったと思う。通院の診断書ではダメかも。この場合は免許センターに相談です。
診断書を書いてくれない病院って、どんな病院なのでしょうか？まずそこからクリヤにしていく必要がありそうです。

病院が書いてくれない理由は何でしょう？
一度、運転免許試験場に行って相談してみては
如何ですか？
いずれにしても、更新できなかった理由が無くなって
から、一か月以内に手続きしなければ無効ですから
早めに行った方が良いですよ。