免許について、申込金の期日が過ぎてしまいました。このまま払わないと申し込みを取

免許について、申込金の期日が過ぎてしまいました。このまま払わないと申し込みを取り消すことになると書いてあるのですが、その場合キャンセル料などはかかるのでしょうか？

通常は、申込金の支払により予約が成立しますので、支払期日が過ぎた時点で、その予約は無かったものとして扱われるでしょう。
その場合に、その教習所に再度申し込んだとして、前回の申込の不成立に対するキャンセル料を請求されるかどうかは、教習所次第ですね。請求されないのが普通ではないかと思いますが…。また、一度申込が不成立になっている人は、再度の申込を受けない可能性もありますね。

免許に関する何の申込金でしょうか？
教習所や合宿免許の申込金でしょうか？
であれば、大抵は予約がキャンセルされるだけで、
キャンセル料は発生しないケースがほとんどかと。
とはいえ、個別確認が必要です。
教習所により判断が異なると思います。

掛かるかも知れない。相手次第です。