教習所で普通自動車のATからMTへの限定解除の試験を受け合格しまし

教習所で普通自動車のATからMTへの限定解除の試験を受け合格しました、限定解除の免許更新は新宿の免許センターでもできますか？それとも試験場に行かないといけませんか？

限定解除は「免許更新」ではありません。運転免許の手続きで更新は、期限満了による更新のみを指します。なので「更新」をキーワードに情報を探すと間違えます。
東京都では、都内3ヶ所にある運転免許試験場でしか、限定解除審査の手続きは行っていないようです。