二輪免許を取ろうかと考えています - 普通四輪(MT)ありますが、

二輪免許を取ろうかと考えています
普通四輪(MT)ありますが、そのような場合、学科は学校で1時間とかやって、免許センターでは免除となるのでしょうか？
免許制度も変わりましたので、何かそこの点も変わっていたりしますか？

その通りです。なお、今回の改正は準中型の新設と高齢者講習・検査が主で、二輪関係の変更は無く、教習の進め方等にも変更はありません。

学科試験は免除されますよ。
実技試験のみです。
教習所に行くのであれば
卒業依証書を持って免許の追記に行くだけです。
試験はありません。