大型免許を持っている方が軽四を運転して反則した場合と普通免許を持っている方が

大型免許を持っている方が軽四を運転して反則した場合と普通免許を持っている方が軽四を運転して反則した場合は、
道路交通法による反則金に差はあるのでしょうか？

「大型免許を持っている方が軽四を運転して反則した場合と普通免許を持っている方が軽四を運転して反則した場合は、道路交通法による反則金に差はあるのでしょうか？」
ありません。どちらも道交法では「普通車」の反則金額が適用されます。
前の回答↓に関連した質問なのでしょうが…
http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q13171265898
中型8t限定など、既得権のケースは特例ですよ。

どの免許を持っていても違反した時の自動車で反則金が決まるようです。
http://www.keishicho.metro.tokyo.jp/menkyo/torishimari/tetsuzuki/hansoku.html

問題はその時何を運転していたか？なので免許は関係ありません！

持っている免許証の種類により、反則金は変わりません。
何を運転していたかで、反則金は変わります。
軽四を運転していたのであれば、反則金の区分は「大型」「普通」「二輪」「原付」のうちの「普通」になります。

一緒です
あくまでも運転していた車が何かです
持っている免許は関係ありません