普通一種MTの免許を教習所で取得した後すぐに、普通二輪の免許を取得しよ

普通一種MTの免許を教習所で取得した後すぐに、普通二輪の免許を取得しようとしたら、再度入学金払わなければいけないのでしょうか？

それは各自動車学校によると思います。全国統一のルールはありません。
多くの場合は、一つの免種の教習卒業から一定期間内の入校であれば、教習費用の割引などがあります。

入学金はどうかわかりませんが、自分の場合は全体では少し安くしてくれました（車の教習終えて１週間後に申し込みに行きました）。

＼Yes！！／
だって～卒業しちゃってるし・・・