先日教習所を卒業したものです。病院から本免の試験を受ける前に試験場の

先日教習所を卒業したものです。病院から本免の試験を受ける前に試験場の相談窓口に診断書を提出し運転適性確認書をもらうという指示を受けその通りに相談窓口に行きました。すると窓口の係員に「本当は教習所入所の
時に必要な手続きです。教習所からはなにも聞かされなかったの？」と言われました。私は教習所入所時には病院の診断書を提出したのみですが何も言われませんでしたし、先述したとおり病院からも本免の試験を受ける前でいいと言われていたのでたいへん焦っています。そこで皆さんに質問です。このような場合は教習所の卒業が無効になって本免の試験を受験できなくなってしまうのでしょうか。
補足
病状はてんかん、5年発症がないため担当医から免許取得が出来ると診断を受けています。

免許センターの方が言われるとおり、本来は自動車学校入校前に相談し、入校が許可されてから許可証を持って入校するべきでした。
病院と免許行政は違うために、「本免試験を受ける前でいい」とは本来病院が言うべきでない言葉だと思います。

適正検査係が取れないと言えば、卒業証明書は無駄になってしまいます。

運転適性は、視力検査と聴力検査もあったと思います。この時に診断書を出します。
大丈夫ですよ。手順を間違えただけなので、本免の試験は受けることができますよ。
病院側も教習側も、法改正から3年なので、慣れていないのでしょう。
教習側は病気の専門ではないし、病院は教習専門ではないですからね(笑)
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病院の言い分が間違っていたか、あなたの受け取り方が間違っていたかのどちらかです。普通は教習所に申し込む前に管轄の運転免許センターに相談に行くことになっていますからね。
主治医の許可を得た書類があるなら、それで強く出て良いんじゃないですか？
「後は主治医に問い合わせて下さい」で。
順序が変になってしまった分、余計な書類代はかかってしまいそうですね。