スピード違反で12点、更にスピード違反で3点減点になったとします。これって

スピード違反で12点、更にスピード違反で3点減点になったとします。これって確実に免許取り消しですよね？

はい。1年間欠格+最初から免許を取りましょう

1回のスピード違反12点（50Kⅿ/ℎ超）免停(90日）と前歴１になります。
前歴1の場合は4点に達しないと呼び出しされません。
よって3点で免許取り消しには至りません。
尚,反則点数制度は、減点では無く加点です。

大丈夫だよ
12点は加点されたんだろ
3点減点なら儲けもんじゃないか。
行政処分前に次なる検挙ならoutだろうね。

確実にとは言えません。
12点の違反で免停の出頭通知が来てから出頭日までの間に3点の違反をした場合、90日の免停を受けた後、前歴1回・累積3点という状態になります。
この出頭の通知が来る前に3点の違反をしたら累積15点で取消処分の対象だし、出頭通知が来てから出頭日までの間であっても、（理由もなく）出頭しなかったりすれば、やはり累積15点で取消の対象です。
取消処分の対象になっても、まずは「聴聞」という弁明の機会がありますので、そこで言い訳をしたり謝り倒したりすれば、もしかしたら、極々稀に、取消処分が180日の免停になる可能性が「0」ではありません。
先の方で「聴聞でかろうじて1点残してもらって180日にしてもらえた」ということがありますが、1点残してくれたというのは意味不明です。0点からの累積方式ですから、残してもらえるはずがありません。
また速度超過で12点などない、という方もおりますが50キロ以上の超過は12点のいいはんですね。

3点の前に12点分で免停になってれば「前歴1の累積3点」で全然セーフだけど累積15点なら取消し確定ですね
速度違反は「三悪」の一つと言われ99.9%御目溢し無しで処分されますヨ

先に90日免停が来ればとりあえずセーフだが、悔い改めなければその調子で免許取り消しになるでしょう。