免許を取得して、1年以内に3点無くなり、初心者講習を受けた後に違

免許を取得して、1年以内に3点無くなり、初心者講習を受けた後に違反した場合どうなりますか？

違反をしても点数を取られたりはしませんから安心して下さい。反対に点数をいただけることになっています。
だから、「累積何点」という言い方をします。
点数制度は、初心者であろうと運転歴30年の人であろうと、同じ扱いをうける「行政処分」に用いるのが「本来の使い方」です。
仮にあなたが初心者期間であってもなくても、2点に違反をし、さらに1点の違反をしたら「累積3点」となります。
この累積3点を0にするにはどうすればいいか？1点の違反をした日から1ヶ年を無事故無違反で過ごせばいいわけです。
1年しないうちに新たな違反（仮に2点）をしてしまったら、今までの3点に新たな違反分（2点）が足されて累積5点です。
この累積5点を0にするには、新たな違反から1ヶ年を無事故無違反で過ごせばいいということになります。要は「最後の違反から1年を無事故無違反で過ごす」ということです。
この累積点数が6点になったら「違反者講習」の対象だし、累積7点以上になれば点数に応じて30日・60日・90日の免許停止処分です。累積15点以上になれば免許取消処分の対象です。
さて…初心者のみに適用される点数制度ですが、初心者期間中の違反点数の合計が3点もしくは4点以上になると「初心者特例」の対象となります。
本来であれば「再試験」となりますが、1回目の特例対象は「初心運転者講習」となりますので、この講習を受ければ「再試験」は回避できます。受けなければ「再試験」にまわされます。
一度「初心運転者講習」を受けた後に、また3点ないし4点以上の違反をした場合には「再試験」ということになります。
本来の使い方である行政処分点数と初心者特例は別個に足し算をしますので、初心運転者講習を受けたからといって、行政処分点数が0になるものではありません。
なお、「再試験」は合格率10％弱ともいわれておりますので、ほぼ不合格になります。不合格の場合は初心者該当免許は「取消処分」となります。

1年以内に3点の点数で初心者講習に行き、さらに3点以上になると再試験です。
点数は引かれるわけではなく加算です。上記の場合は6点で免停にもなり、再試験で取消になるでしょう。

1年以内に更に3点以上なら、再試験決定ですね。
http://www.keishicho.metro.tokyo.jp/menkyo/koshu/koshu/koshu06.html

免許を取得して、1年以内に3点無くなり
前歴０回、違反加算点数３点

上記の状態に
違反した加算点数が
足されることになります

どんどん加算されていきますよ。