原付2種に乗ろうと思い免許を取ろうとしているのですが、普通二

原付2種に乗ろうと思い免許を取ろうとしているのですが、普通二輪にするべきか小型二輪にするべきか迷っています。また、ATかMTかでも迷っています。おすすめはありませんか？
因みに普通自動車免許は持っており、原付2種に乗り始めたら通勤に使おうと思っています。

私は普通二輪ＡＴ限定の免許をとって、
原付２種のＰＣＸに乗っています。
私もどの免許とるか結構悩みましたね。
スクーターしか乗らないならＡＴ限定でＯＫ
将来、バイクで高速道路や自動車専用道路を全く乗らない
（＝バイクで遠出のツーリングに出かけない）
なら小型でもＯＫだと思います。
私は後ろがパカっと開くタイプしか乗る気がしないので
ＡＴ限定で基本的に問題ありませんでした。
ただ、１つだけ小さな不満があるとすれば、
旅行先でレンタルバイクを使うときに、
バイクの選択肢がかなり絞られてしまうことですかね。

今の季節でしたらキャンペーンで普通二輪（限定なし）の方が教習料金が安いことがあります。
わざわざ高い限定付きの免許を取得するよりも安く限定なしが取れるとしたら質問者様はどちらが得だと考えますか？
競争の少ない地域であれば通常は小型限定AT限定のほうが安いと思いますけど。

バイクで高速道路は乗らない
とお考えでしたら小型で十分です
維持費もかなり安いですから(特に任意保険)
乗りたいバイクによりますが通勤に使うのであればスクーターがいいかと思います。
荷物も入りますので
通勤がメインならＡＴを買えばいいと思いますが将来的にＭＴにも乗りたいのであればＭＴを取るのが無難です

通勤ならATで良いんじゃね？
二種スクーターなら￥安く買えるし・・・

選択肢として、普通自動二輪免許で
・小型限定の有無
・ＡＴ限定の有無
という事です。
限定を付ければ初期費用は安くなります。
なので、金銭的に余裕が無いという場合には、検討しても良いでしょう。
しかし、将来的に「もっと大きなバイクに乗りたい」とか、「ＭＴにも乗りたい」となった時、限定があると、限定解除の手間がかかります。
という事で、将来的に限定無しに乗りたくなる可能性が否定できず、金銭的・時間的に許されるのであれば、限定がつかない普通自動二輪免許をオススメします。

バイクが好きならできるだけ大きなバイク免許を取っとく方が良いと思います。
私が若い時(年がばれますが)
小型、大型しか無いのに小型しか取らなくて中型ができ、大型が難しくなりどんどん改正され、後悔だらけです、