原付免許の際に違反をしてその後自動車免許を取得したのですが、この

原付免許の際に違反をしてその後自動車免許を取得したのですが、このような場合だとゴールド免許の5年間無事故・無違反の対象から外れますか？

外れます。 普通免許取得後直ぐに、5年ゴールドはあり得ません。