自動二輪車って原付は入らないのですか？ - 「自動二輪車」という

自動二輪車って原付は入らないのですか？

「自動二輪車」というのは、
道路交通法(運転免許や交通ルールを定める法律)で「50ccを超える二輪車」全般を指すよ。
50cc以下が原付。
なので、原付と自動二輪車は別物(別の区分)。

ただし、
道路運送車両法(車両そのものを定義する法律)では、
125cc以下(役所で登録申請出来る二輪)は原付。
50以下が第一種、50を超え125以下が第二種。
で、125超～250cc以下が軽二輪(二輪の軽自動車。車検の免除されたバイク。)
250ccを超える全てのバイクが小型二輪(二輪の小型自動車。車検のあるバイク。)ですよ。

原付は自転車寄りな乗り物

広義にはエンジンやモーターなどの動力付２輪の乗り物はすべて自動２輪車ですね。「モーターサイクル」という英語の対訳かと。ちなみに「オートバイ」は「オートバイシクル」の短縮形っぽいけど、それ自体は主に４輪車を意味する「オートモービル」からインスパイアされた造語っぽい。
狭義には使用するにあたって道路運送車両法で国土交通省運輸局に「登録」を義務付けられた「２輪の小型自動車」すなわちエンジン排気量が２５０ｃｃを超えるモーターサイクルのことでしょう。
１２５ｃｃを超え２５０ｃｃまでのモーターサイクルは「検査対象外の軽自動車で２輪のもの」と同法で規定されます。いわゆる軽２輪です。こちらの場合、正確には「登録」ではなく「使用の届出」。
で、それ以下の排気量のモーターサイクルが「原動機付自転車」と規定されている訳です。その中で排気量５０ｃｃを越え１２５ｃｃまでのものが「原付２種」なのですが、この分類は税法上および上記道路運送車両法のうちの保安基準における、それと排気ガスや騒音規制上の分類呼称です。一般的に「原動機付自転車」＝「原付」というと排気量５０ｃｃ以下のものを指します。

モトコンポやモンキーやポッケがいくら小さくても、
GL１８００のケースやスカイウエーブ650のシート下などには入らないと思います。
バラせば入るかもしれませんが。
ひょっとして子猿なら入るかも。

法規上は入らないです。
それは大多数の海外でも縦分けしている国々でも多いようです。
ただ構造的には大きさ以外に絶対的な違いは存在しないんですがねぇ。

「自動二輪車って原付は入らないのですか？」
入りません。道路交通法で、明確に別だと定義されています。