大阪在住・普通自動車免許持ちです。今日、普通二輪の卒業検定に合格して教

大阪在住・普通自動車免許持ちです。
今日、普通二輪の卒業検定に合格して教習所を卒業しました。
免許の交付は、門真で学科試験は免除ですが、交付だけでも平日しかやってないのでしょうか
？
会社を休んででも平日に行くしか無いのでしょうか？

門真って日曜日もやってましたよね。あっ日曜は免許の更新だけですね。ということで、新しい免許は有休を使ってください。

「免許の交付は、門真で学科試験は免除ですが、交付だけでも平日しかやってないのでしょうか？」
平日しかやっていません。
質問者さんは「学科試験がないから交付だけ」と考えていますが、間違いです。運転免許試験は、適性試験、学科試験、技能試験の3つです。指定教習所を卒業して技能試験が免除され、普通自動車免許があるので学科試験が免除されるとしても、適性試験を受けなければ、新たな車種の運転免許を受ける事はできません。なので、試験場へは「交付手続き」にいくのではなく「試験手続き」に行くのです。手数料も、試験を受けるためのものを支払います。その試験は平日にしかやっていません。
「会社を休んででも平日に行くしか無いのでしょうか？」
その通りです。また、必要な休みをくれないなら、その会社はブラックです。世の中にのさばらせてはいけませんので、とっとと潰しましょう。

卒業の時に試験場の案内ももらえると思いますよ
そこに書いてあります。