運転免許の本免は90点以上で合格ですよね？しかし、教習所での

運転免許の本免は90点以上で合格ですよね？しかし、教習所での卒検前の効果測定で、91点取って不合格になってました。どっちが正しいのですか？

効果測定の合格基準は、その自動車学校ごとにことなります。だいたいは試験場と同じ基準（90点以上で合格）でやるとは思いますが、試験場よりも厳しい基準のところもあるでしょう。

効果測定はあなたの習熟度を測るために教習所が
実施するものですから、教習所毎に合格基準が違うのでしょう。
効果測定で95点取れないと本番で90点とれないと
考えれば95点が基準になるかもしれないし。

本免や仮免は90以上ですが、効果測定の合格基準は自動車学校独自で決めるものです。
それに学校によっては合格しなくてもいいようですし、合格しなくてはならないという法律的な決まりもありません。