大学3年生です。 - 合宿免許にて運転免許を取得しようと思っております

大学3年生です。
合宿免許にて運転免許を取得しようと思っております思っております。
本人確認書類に、住民票と保険証をもっていかなければなりません。
そこでなのですが、学業のため一人暮らししているので、本籍地と現住所が違います。
そのため住民票(本籍地)と保険証(現住所)に記載してある住所が違うのですが、大丈夫なのでしょうか？

自動車学校に勤めています
住民票は仮免許のなどの作成に使用します。これは卒業の時に返してくれます。
保険証ですが、遠方で病気や怪我など何かあったときのために持って行く必要があります。
本来は本人確認も兼ねているため、現住所の入った証明書（学生証）も一緒に持参してください。

本籍地は国内住所なら自由なので意味のない情報です
住民票がある自治体と保険証にある住所が違う
ってありえるのかな？

本籍地と住所地が違うのは普通の事です。本籍地とは戸籍の所在地、住所とは住民登録の所在地です。本籍は任意に移動できますが、通常は婚姻などで戸籍を新製する時にしか移しませんから、現住所に関係なく、生まれた場所が本籍になっているのが普通です。
ただ、おそらく質問者さんは「本籍」と「住民票の住所」の意味を取り違えていますね。言いたいのは「住民票の住所と健康保険証の住所が違う」と言う事でしょう。
「住民票(本籍地)と保険証(現住所)に記載してある住所が違うのですが、大丈夫なのでしょうか？」
住民票の住所と健康保険証の住所が違うと言う状態は、自治体が事務を行っている国民健康保険では起こりませんが、そうでなければ住所確認はおざなりなので、そういう事もあるのでしょうね。
ただ、最初に運転免許を取得する手続きでは、住民票の住所が使われます。その際に身分証明書として提示する証明書の住所も、当然に住民票の住所と一致しなくてはいけません。住民票と住所が異なる健康保険証では、あなたの身分証明書として通用しない事になります。
現住所に住民票を移転すれば解決します。そもそも、離れた土地の学校へ通うための一人暮らしであっても、生活の本拠が移転している以上、住民票は現住所に置く法的義務があるのですから、現状は違法な状態ですよ。