履歴書の資格の欄に普通自動車免許と書きたいのですが、AT限定の場合は

履歴書の資格の欄に普通自動車免許と書きたいのですが、AT限定の場合はAT限定と書かないと虚偽になりますか？

その通りです。
そう書かないとかなり重大な虚偽記載です。