運転免許初心者期間について - 4ヵ月程前に初心者講習を終えた後に

運転免許初心者期間について
4ヵ月程前に初心者講習を終えた後にこれから初心者期間内に後3点、加点されると再試験と言われました。先日バイクでスピード違反をしてしまい2点加点されました。ここで質問なのですが、初心者講習は確か車の運転をして3点加点すると出頭するという形だったと思いますがこの場合バイクで違反してるので累計とは別に加点されてしまうのでしょうか？バイクは取って一年以上たっています。それとも車もバイクも関係無しに3点加点されると再試験なのでしょうか？あと2、3週間で初心者期間は終わるので今まで以上に気おつけますがこの場合どうなるのか気になりましたので質問させていただきました。分かりにくい説明ですが心優しい方回答よろしくお願いします。補足バイクは自動二輪の事です。

質問者さんは、普通自動車免許と普通自動二輪免許を持っていて、普通自動二輪のほうは取得から1年経過しているのですね。であれば、質問者さんが受けた初心者講習は普通自動車のものなので、普通自動車の免許を取得してから1年間が経過するまでに、普通自動車で3点以上の違反をすると、普通自動車免許の再試験になります。原付や普通自動二輪車の違反は数えません。
そして、初心運転者期間とは関係なく、行政処分の基準となる違反点数は、車種に関係なく全て累積します。既に3点以上を取っているのですから、追加でで3点を取れば6点で違反者講習の対象となり、4点なら7点で短期(30日)免停処分の対象になります。

この場合、初心者の対象が普通自動車免許だけなので車の運転で3点分の違反をすれば再試験ですね。オートバイでの違反は初心者期間の対象にならないです。でもどちらの運転でも累積5点は免停リーチですよ。2，3週間で初心者期間が明けるのであれば安全策として最低でも車の運転は控えるようにされては？

文章の冒頭では「4ヶ月程前初心者講習を終えた」と書かれていて、文末では「あと２、3週間で初心者講習が終わるので」非常に状況がわかりにくいです。

バイクというのは自動二輪のことなら、普通車の初心者運転者期間と自動二輪の初心運転者期間は別々に発生します。
原付のことなら普通車の初心運転者講習期間には関係ありません。
ただ全ての点数が足され6点以上になれば免停です。