AT限の免許とった後にMTのも取るということはAT限との差額で

AT限の免許とった後にMTのも取るということはAT限との差額でMTも取ることができますか？

差額では取れませんね。
通常の教習だとAT限定で取得は31時限 の技能教習です。
限定なしの免許は34時限で３時間の差があります。
この3時間の差が教習料金の差になっており、1.2～２万円くらいの差額があります。

AT限定を限定解除する場合は、技能教習4時間＋限定解除試験＋免許申請料が必要となります。

技能教習が1.6～2.5万円、限定解除試験が1.5～2.5万円、免許申請料が1500円くらい。
合計で４～6万円の費用になります。

特に限定解除試験が高いので、1.5万円が気にならないなら最初から限定なしのMT車で取得した方がいいですよ

出来ません。恐らく割高です。

「AT限定を解除する」って事であって「MTもとる」って考え方じゃないんだけどね。
費用は、運転免許試験場に行って技能審査受けて一発で合格できる自信あるんだったら、５千円もかからんよ。
教習所だと、安い所で５万（技能教習４時間＋審査料）くらい。
差額とはちょっと違う。

ＡＴ限定免許から、限定解除を教習所で取るためには差額以上の費用が必要になります。
教習所で聞いて貰うとわかりますよ。