小型自動二輪あるいは普通自動二輪の免許をとる際、ATとMTどちらが良いと思いま

小型自動二輪あるいは普通自動二輪の免許をとる際、ATとMTどちらが良いと思いますか？できれば、理由もお願いします。

二輪免許は車の免許と違い、AT車とMT車の形状そのものが異なります。MT教習車は普通のバイク（ネイキッド）、AT教習車はスクーターです。
軽量な125ccでは特に問題はありませんが、400ccのスクーターといえばいわゆるビッグスクーターです。
とにかく長い、重い、低いので、教習が逆に難しいとも言われています。

MT・ATを問わずどちらも乗れる免許とATしか乗れない限定免許のどちらが良いか小学生でもわかりますよ。
さらに言えば普通二輪のATは限定なしよりも技能が難しいです。一本橋で前輪付近が見えないし、クランクで脱輪しやすいのもATです。わざわざ難しいAT限定よりも簡単な限定なしを選ぶべきかと。
しかもこのことを知っている人は少ないようですが、400ccのスクーターと250ccのスクーター、近いようですけどアクセルを戻した際の挙動が大きく違います。400はかなり強くエンジンブレーキが効くのに対して250はエンジンブレーキがほとんど効きません。

小型限定のMTは教習やってないところが多いので除外ですね

車なら最近は90％がＡＴと言われてますからＡＴでいいと思いますが、バイクはまだまだＭＴが多いです。
したがって私ならＭＴですね。

お金を出して資格を取るのにわざわざ足枷を付ける必要はないですよ。
どうせ大した金額の差もないので「乗らないからAT」ではなく「選択肢が広がるからMT」と言う視点で見たほうがいいですね。
MT免許とAT免許では乗る事の出来る車種が全く違います。
更に言うと二輪は趣味性の高い乗り物ですから選択肢の広さは自分の楽しさにつながる事もあります。

取るならば
普通自動二輪ＭＴです^_^
排気量400cc以下の物は全て乗れますし、スクーターにも乗れます。
後は、質問者様の行動範囲にもよりますが高速も走れます。
※125cc以上の排気量が必要