僕は28年の8月15日に免許とりました！誕生日の4日前です。

僕は28年の8月15日に免許とりました！誕生日の4日前です。で更新が来年の9月15日です。そこで問題なんですが僕は2種を取りたいのですが2種は免許受けて3年とのことですがここで3年経過とされるのか2年経過とされるの
か分かりません教えてください。

免許を交付された日から満３年です。

31年の8月15日以降に取れます
教習は先にできます

平成28年8月15日に一種普通自動車免許を取得したのですね。で、誕生日が8月19日ということですか。
二種免許は免許取得から3年以上の免許歴が必要なんですから、H31/8/15以降でないと二種免許の取得要件を満たしません。特別難しい理屈でもありますまい。
「平成31年なんて来ない」という方もおいでですが、当然ですが新元号で平成31年相当の年を指します。

免許取得日から3年経過です
免許証に取得日が記載されてるでしょ