香川県在住です。普通二輪の免許をとるために教習所に通い、卒検に合格し

香川県在住です。普通二輪の免許をとるために教習所に通い、卒検に合格しました。
免許センターで普通二輪の免許を申請したいのですが、平日しか受付していないのでしょうか？
他に普通四輪の免許を持っています。

そういった手続きを「免許の併記」と言います。「併記」の手続きは平日のみの取り扱いになります。
全国どこでもそうです。神奈川県の試験場では学科試験だけ「完全予約制」で日曜日に行っているようですが…

運転免許試験は、神奈川で日曜に予約制で実施しているのを除き、平日にしか行って居ません。