平成29年3月12日から準中型免許が増えましたが、それ以前に

平成29年3月12日から準中型免許が増えましたが、それ以前にAT限定で普通免許を取得しています。
この度準中型免許のMT車を乗らないといけないのですが、普通車のAT限定解除を受けたら自動的に準中型免許のMT車も運転
できるようになるのでしょうか？

ＡＴ→ＭＴ（限定解除）しても最初に取得した時点での免許資格に準じます。
つまり普通免許 （中型車は5ｔ）となります。
折角限定解除するのなら教習代が少し高いだけで殆ど変わらない準中型免許を取得した方が良いでしょう。

AT限定解除ではなく、準中型限定5ｔの解除をすることになります。
AT限定解除では、ただ単にMT車の運転ができるというだけです。限定5ｔの解除をすれば、AT限定も一緒に解除されます。

現在質問者さんが持っているのは、多分準中型５t限定AT限定です。
現在でも、準中型区分の総重量５t以下のものでATのものなら乗れます。
AT限定のみ解除も可能ですし、５t限定解除を行うと準中型に本来AT限定は無いので同時にAT限定も解除になります。