15年前に原付免許取得。 - 昨年普通運転免許取得。ゴールド免

15年前に原付免許取得。
昨年普通運転免許取得。
ゴールド免許になりましたが、
踏切一時停止忘れにより取締りにあいました。
2点減点プラス罰金6000円です。
2点については3ヶ月違反がなければ免除されると言われましたが、免除されたとしても普通免許の取得1年以内の違反の初心者講習は該当しますか？

今日現在、普通自動車免許については「初心者期間中」です。普通自動車（軽自動車を含む）での違反が「初心者特例」の対象になります。
反則金の額から察すると、今回の違反は「原付」での違反でしょう。ですから普通自動車免許の特例対象の違反にはなりません。
もしも、今回の違反が普通自動車（軽自動車）であったら、初心者特例の対象です。初心者期間中にもう一度何らかの違反を（普通自動車・軽自動車）すれば、特例対象の違反点数の合計が3点以上になるので、初心運転者講習を受けましょう、というような通知が来ます。
今後、3ヶ月を無事故無違反（車両を問わずに）で過ごせば、今回の違反点数（2点）は累積から除外されるので、累積0点という形になります。
※違反点数は減点されるものではなく、加点されるものです。
なお、通常の行政処分点数と、初心者特例の違反点数とは、別個に足し算をします。
なのであなたの場合、通常の行政処分点数は、累積2点になります。
普通自動車免許の初心者特例点数は、合計0点となります。

点数は消えても違反の経歴が残るので、次回の免許更新時に講習を受けるとともに免許書はゴールドから青に変わります。普通免許の取得1年以内の違反の初心者講習は該当するかは不明です。