免許停止に関する意見聴取が行われるのは、免停90日以上からなんですか？

免許停止に関する意見聴取が行われるのは、免停90日以上からなんですか？

90日以上の免許停止処分、免許取消処分の「厳しい行政処分」を科す場合に「意見聴取」（聴聞とも言われる）を行います。
赤切符の違反＝90日以上の免停というわけではありませんから、赤切符は6点以上の違反の際に切られます。前歴無しで6点であれば30日の免停ですから意見聴取はありません。
6点以上の違反の場合、免許証が没収されることがあります。その預かり証として赤切符が切られるので、免許証が没収されない場合は赤切符は切られません。

そうです。
道路交通法第１０４条に基づき、９０日以上の免許停止処分に該当する場合公安委員会は公開で意見の聴取を行う事になっています。

通常の違反は、反則金。いわゆる青切符。 赤切符の違反をすれば行われます。